中国科学院生态环境研究中心现有在职职工 394 人，其中科研人员 273 人，中国科学院院士 3 人、中国工程院院士 4 人，研究员 60 人、副研究员和高级工程师 84人、中级研究人员 109 人。中心有环境科学、环境工程、生态学、环境经济与环境管理博士学位授予权，有环境科学、环境工程、生态学、环境经济与环境管理、分析化学、人口资源与环境经济学、有机化学硕士学位授予权，设有环境科学与工程、生物学博士后流动站，为中国科学院博士生重点培养基地。现有在学博士生 372 人、硕士生 246 人，在站博士后研究人员 99 人。
中心主要研究领域包括环境化学、环境工程学、环境生物学和系统生态学。研究内容涉及到环境化学、环境工程、生态学、生物学、地学等学科的互相渗透。可发挥综合性、多学科优势，研究地区性、全国性以及全球性的重大生态与环境问题。
现设有 8 个研究室：环境化学与生态毒理学国家重点实验室、环境水质学国家重点实验室、城市与区域生态国家重点实验室、环境生物技术研究室、大气环境研究室、水污染控制技术研究室、土壤环境科学研究室、环境纳米材料研究室。组建有  “持久性有毒污染物形态、环境过程与毒理效应”、“环境微界面过程与污染控制”、“土地利用与生态过程”等 3 个国家基金委创新研究群体和 2 个“中国科学院创新研究团队”  以及城市生态定位研究站。另设有文献信息中心、大型仪器实验室、二恶英实验室、环境评价部。上一年度化工污染控制行业产值 800 万。