南京大学环境科学与工程学科注重与地方企业和行业开展合作。近三年以来，承担国家级项目 27 项、省部级 24 项、产业化 35 项，旨在引领国际有机毒物污染控制与资源化产业的健康发展；累计实际经费收入 14430 万元  ，科技部专项经费  700 万元，地方配套经费  700 万元，依托单位自筹经费  1400 万元；产品销售收入  2377 万元，建设经费收入 2905万元，政府下达科研项目经费收入 3986 万元，技术收入  5162 万元。南京大学环境科学与工程学科国际学术交流和合作日益活跃。承担了欧盟项目“中国东部经济发达地区饮用水源中多氯化有机物的调查与风险评价”、“水体优先污染物对食品品质和人体健康的影响及其管理对策研究”等数十项国际合作项目，举办“新兴污染物环境归趋与生态风险评价国际研讨会”、 “国际水协会环境纳米技术研讨会”等国际学术会议多次， 邀请国内外著名专家开展讲学和讲座 20 次，组织本领域的技术和管理人员去美国、德国、瑞士、芬兰等国家学习交流 20 人次，接纳国内外开展短期研究的技术人员 100 人次。