综合管理部：负责公司日常行政事务（人力资源、出勤考核、文案管理、财务管理等）；公司工作规划、各类报表、总结的编汇，文件指示精神、重要信息的上传下达及重要资料的存档保密工作；公司各部门工作协调统筹等。

企业服务部：公司日常行政管理事务（包括人力资源、出勤考核、文案管理、财务管理等）；孵化企业注册、入住全过程和全方位的行政、财务、法律咨询与服务；孵化企业房租租恁、物业管理、租车服务、会场会务服务等；企业市场需求获取、整合与对接，专题培训和咨询活动组织等；孵化器企业参股投资运作；南京环保“创客谷”组织管理等。

项目服务部：包括所有涉及公司独立或与孵化器企业联合承担的“国家-省-市-区”各级纵向项目（包括国家水专项等）/横向项目（市场化项目）申报与组织实施全过程管理等。

研发评估部：负责特色型环保技术研发平台建设，拓展、承接公司或孵化企业委托的研发业务；负责建立第三方环保技术第三方评估体系，申请相关资质。拓展与承接相关技术评估业务；开展行业核心技术成果、专家大数据采编、建库与管理等。

联盟秘书处：负责化工污染控制战略联盟的日常管理、宣传，重大活动与理事会组织；盟员动态管理、技术成果集成、联合项目申报与管理；联盟宣传册与联盟工作简报编发；联盟试点验收组织等；负责创新中心有限公司、孵化器、孵化企业、化工联盟的综合宣传，负责公司网站、联盟网站、联盟公众号的动态维护与管理等。

各部门协作机制：常规状态下，各部门及负责人各司其职、各负其责；有重大活动/项目需要部门之间协同作战时，以主要负责部门牵头，其他相关部门务必全力配合，鼎力协作，共同完成相关工作。